Huhu :)
Ich hab jetzt nicht alles gelesen, kann aber auch ein paar Erfahrungen beisteuern.
Ich fahr sehr viel mit der Bahn quer durch BaWü, meistens Strecken von 1-2 h Fahrtzeit. Mein Hund ist Zugfahren gewöhnt (ich hab ihn mit dem Zug aus dem Tierheim nach Hause geholt 
) und schläft meistens nach ein paar Minuten.
Für unsere gewohnten Strecken muss ich nichts buchen, mein Semesterticket deckt das Meiste ab und ansonsten gibt's ein BaWü-Ticket oder halt ein extra Ticket für einen kleineren Streckenabschnitt über "unser" Gebiet hinaus.
Wenn es weitere Strecken durch Deutschland sind, buch ich ganz normal Sparpreise, wie ich das ohne Hund halt auch machen würde. 
Dann, wenn die Reise halt geplant wird. Für Elin gibt's dann ein Kinderticket. (Wo mein Semesterticket gilt, kann er kostenlos mitfahren.)
Thema Packen: Ich komm meistens auch mit Rucksack und Bauchtasche gut hin, manchmal hab ich noch so ne große Ikea-ähnliche Tragetasche oder Stofftasche dabei. Klappt.
Von Koffer würde ich eher abraten, da fehlt einem eine freie Hand, finde ich. Gerade, wenn das Gedränge groß ist und man wenig Zeit zum Umsteigen hat, will ich keinen Koffer rumschleifen, während ich mit dem Hund durch die Menschenmassen hetzen muss. Ich versuch zwar, kurze Umsteigezeiten zu vermeiden, aber oft muss man dann wegen Verspätungen halt doch rennen ...
Elin hat auch noch einen Hunderucksack von Ruffwear, den find ich sehr nützlich. Er muss den ja auch nicht lang schleppen bei Bahnreisen, während der Fahrt nehm ich ihm den auch meistens ab, aber das spart einem schon manchmal eine extra Tasche. :) Wieder eine Sache, die die Gepäcksituation für uns auch in hektischen Situationen vereinfacht.
ich packe tendenziell eher sparsam, aber nicht wegen des Hundes, sondern weil ich generell kein unnützes Zeug rumtragen will.
Vorausgeschickt hab ich noch nie was.
Ich bin vergangenen Sommer mit (Jetzt-Ex)Freund und Hund gaaaanz aus dem Süden Deutschlands (Bodenseeregion) nach Amsterdam gefahren für 10 Tage, auf dem Rückweg dann noch mit einem Umweg über Freiburg, wo wir noch drei Tage waren.
Das waren, glaube ich, 11 Stunden Zugfahrt Richtung Norden. Wenn ich mich richtig erinnere, sind wir 4x umgestiegen. Manche Umstiege waren hektisch (auch wegen mangelnder Orientierung in unbekannten riesigen Bahnhöfen), woanders hatten wir viel Zeit und es war entspannt. Funktionieren tut es dann eh immer irgendwie. 
Für die Niederlande hatte ich einen Maulkorb dabei, weil ich im Ausland gern auf Nummer sicher gehe. Weiß gar nicht mehr, ob das vorgeschrieben war.
An einen Maulkorb muss der Hund natürlich genau wie ans Zugfahren an sich gut gewöhnt werden.
Vor zwei Jahren sind wir mit Nahverkehrszügen in die Kölner Ecke gefahren, das waren fast 13 Stunden dank Verspätungen. 
Da sind wir sehr oft umgestiegen. Elin war dann platt, als wir ankamen, aber er hat es uns verziehen und eben den Rest der Nacht sehr tief geschlafen.
Bei diesen beiden sehr langen Reisen hatten wir auch immer noch eine komplette Zeltausrüstung dabei und Hundefutter für den gesamten Zeitraum (bei einem 25kg-Hund). Geht alles irgendwie, aber einer gewissen Gepäckmenge rennt man halt dann nicht mehr, sondern nimmt notfalls den späteren Zug.
Bei langen Zugfahrten finde ich es praktisch, wenn man eine etwas längere Pause nach der Hälfte hat. Also 30 Minuten oder mehr, dass man auch mal rund um den Bahnhof mit dem Hund an einen Grünstreifen kann. Zur Not überlebt zumindest Elin es aber auch, wenn er bei mehreren Stunden Zugfahrt kaum oder gar nicht pinkeln kann (vorausgesetzt natürlich, dass er vor Abfahrt in Ruhe Hund sein konnte!). So ganz exakt lässt es sich ja eh nicht planen, dazu sind Verspätungen zu sehr die Regel. 
Also da würde ich mich nicht verrückt machen und einfach eine Verbindung raussuchen, die euch unabhängig vom Hund passend erscheint. Kommt dann eh alles anders.
Ich hatte noch keinen Welpen, aber ich denke, wenn der Hund das Zugfahren an sich kennengelernt hat und häufiger mal ne Stunde oder zwei entspannt mitgefahren ist, dann kann man die Strecken problemlos ausweiten. Ob das dann 3 oder 6 oder 8 Stunden sind, war zumindest meinem Hund völlig egal.
Thema Nachts fahren: Elin ist bei Zugfahrten spät abends (so gegen Mitternacht) genauso wach oder schläfrig, wie er es auch tagsüber im Zug ist. Auch, wenn er daheim um dieselbe Zeit tief schlafen würde. Das macht beim Zugfahren keinen Unterschied für ihn. Heißt: Er liegt die meiste Zeit da und döst, achtet aber trotzdem auf andere Reisende, beobachtet das Aus- und Einsteigen an Bahnhöfen, reagiert manchmal auf Rumpler oder Durchsagen oder irgendwelchen Lärm ... Völlig egal, ob es Tag oder Nacht ist.
Einziger Vorteil ist vielleicht, dass nachts weniger los ist.
Aber auch hier: Plant das so, dass es für euch passt. Es bringt nichts, extra nachts zu fahren, wenn man dann kaum die Augen offen halten kann und es total anstrengend wird alles.
Wenn man nachts fährt, würde ich immer darauf achten, dass der Hund zwar über den Tag seinem Bewegungsdrang gut nachkommen konnte und müde ist, aber auf keinen Fall übermüdet. Also auch nichts Spannendes oder Stressiges am Nachmittag machen. Elin zumindest kann dann auch abends im Zug nicht gut abschalten, wenn davor am Nachmittag und Abend zu viel Action war. Dann ist er doch manchmal nervös und angespannt und unruhig, reagiert auch viel stärker auf andere Leute. Daher: Schauen, dass der Hund zwar ausgepowert ist, aber über den Tag auch genug Ruhephasen hatte.
Wir hatten anfangs ein großes Thema mit Menschen, die im Zug unsicher/schwankend laufen, oder auch mal einen großen Ausfallschritt vor Elins Nase machen mussten. Oder wenn Leute im vollgestopften Zug über ihn drüber steigen mussten.
Da hab ich viel mit dem Clicker gearbeitet und ihm diese Situationen schöngefüttert. Hat gut funktioniert, aber Zeit und Management und ununterbrochene Aufmerksamkeit gefordert. (Allerdings hat er auch seine Straßenhundevergangenheit, wer weiß, was er erlebt hat.)
Ich hab auch anderen Leuten sehr rigoros verboten, ihn einfach zu streicheln. Teilweise, wenn wenig los war und wir uns das Abteil mit einer sympathischen Familie geteilt haben, durften ihn die Kinder dann knuddeln, da hat er sich auch gefreut und genüsslich den Bauch massieren und die Ohren kraulen lassen. Aber im Allgemeinen war ich sehr streng, dass ihn keiner anlangt. Gerade, wenn man in einen vollen Zug steigt und dann durch den Gang zwischen belegten Sitzen durch muss und vielleicht zwischendrin mal stehenbleiben muss, fühlen sich die Leute rechts und links vom Gang dazu eingeladen, dem Hund ins Fell zu greifen oder den Kopf zu tätscheln. 
Mach dich nicht verrückt - gewöhnt deinen Hund in Ruhe an das Bahnfahren an sich, lass ihn dann auch mal hektische Situationen und Gedränge erleben (ohne selber in Hektik zu sein). Belohne ihn für ruhiges und unauffälliges Verhalten, schirm ihn ab, wenn es nötig ist, aber mach kein unnötiges Bohei um das Ganze.
Und alles andere regelt sich. Bahnfahrten sind einfach nicht wirklich planbar, aber im schlimmsten Fall verpasst man irgendwo einen Anschluss. Davon geht die Welt nicht unter, und meistens geht ja eh alles irgendwie gut.
Elin ist mein erster Hund. Ich hatte nahezu null Hundeerfahrung. Er ist so groß, dass er durchaus manchmal unhandlich ist in einem vollbesetzten Zug. Und dann das Thema mit gruseligen oder trampeligen Leuten. Trotzdem haben wir inzwischen sicher über 1500 Stunden Zugfahrten hinter uns, und es gab nie nennenswerte Probleme.
Zwei Tipps noch:
Fahrradabteile sind ne feine Sache, solange es nicht Radwanderhochsaison ist. Da kann der Hund bequem ausgestreckt liegen und trotzdem kommen die Leute gut vorbei, es sitzen oft kaum Leute drin, und wenn doch Leute drin sind, dann haben die oft selber was "Sperriges" dabei, sodass auch für den Platzbedarf vom Hund meistens Verständnis da ist. Generell hat man da oft ganz nette, bodenständige und flexible Mitreisende, während (nach meinen Erfahrungen) in den normalen Sitzreihen häufiger auch Leute sitzen, die uns in irgendeiner Form das Leben schwer machen.
Wobei wir auch das gut hinkriegen, zur Not kann Elin sich jetzt auch in engen 2er-Sitzreihen unter meinem Sitz einrollen und daneben kann noch jemand sitzen. Das ist dann zwar nicht mehr sehr komfortabel, funktioniert aber auch.
4er-Abteile sind auch was Schönes, oder die Plätze ganz am Anfang oder Ende des Waggons, da ist auch oft mehr Platz für den Hund.
Ich würde dem Hund gleich von Anfang an beibringen, dass er nicht im Gang zu liegen hat. Wenn es nach Elin ginge, würde er genau dort liegen, um alles im Blick und den meisten Platz zu haben. Aber es gibt wirklich viele Leute, die aus Versehen oder aus Ignoranz(?! 
) auf ihn drauftreten würden. Viele gucken einfach nicht auf den Boden.
Und dann möchte ich dir noch dazu raten, dich ganz genau über die Beförderungsbedingungen für Hunde und alle Eventualitäten in dem Zusammenhang zu informieren, denn ich habe schon häufig Schaffner erlebt, die gar keinen Schimmer hatten (und oft auch nichts zur Hand, um kurz nachzulesen).
Da wurde mir schon unterstellt, dass mein Hund schwarzfahren würde - was mit meinem gewählten Ticket aber gar nicht der Fall war, weil ich kein normales Ticket hatte, sondern irgendein Ferien-Kombi-Wasauchimmer-Ticket für eine bestimmte Region, wo man Hunde mitnehmen durfte ohne Aufpreis ... In solchen Diskussionen sollte man sich dann sicher sein, wovon man spricht.
Die überwiegende Anzahl Schaffner (und auch Mitreisende) ist aber wirklich sehr nett und gutmütig und stellt wenn überhaupt endlos viele nervige Fragen. 
Ich hab jetzt bestimmt noch alles Mögliche vergessen zu erwähnen, aber das Wichtigste: Nicht verrückt machen! Sobald du das Gefühl hast, dass dein Hund keinen Stress im Zug hat, ruhig auf Reisen gehen. 
P.S.: Zugtoilette ist auch mit großem Hund plus Gepäck möglich.
