Ist doch da nicht anders, wenn auch länger her.....
Fakt ist, dass die meisten Linien aussterben. Ob der Mensch momentan noch auf eine einzige Urmutter oder 2 oder 3 zurückgeht - die genetische Basis ist jedenfalls sehr sehr eng. Und nicht anders dürfte es für jede Spezies sein, wenn sie nur lange genug überlebt.
Da reden wir aber von evolutionären Zeiträumen, also von Jahrmillionen, und vom Zusammenspiel von (natürlicher) Selektion, Isolation, Drift und Mutation. In so langer Zeit kann durch Mutation und dann durch Selektion für oder gegen das mutierte Allel tatsächlich soagr wieder neue genetische Vielfalt entstehen, der "Stammbaum des Lebens" verzweigt sich weiter.
Das ist in der Zucht wegen der kurzen Zeiträume utopisch, wir schaffen ja keine neuen Arten, sondern experimentieren nur mit bestehenden Arten herum.
Evolution und Haustierzucht sind daher nur sehr begrenzt vergleichbar.
Wenn ein homozygotes Genpaar keinerlei negative Effekte hat, verursacht es keinerlei Leiden oder verkürzte Lebensdauer. Jenachdem, wofür das Gen codiert, wird da auch keine Variabilität toleriert - zB bei entscheidenden und überlebenswichtigen Stoffwechselvorgängen.
Zum Beispiel bei den Genen, die für's Immunsystem codieren ist vermehrte Homozygotie und geringe Varianz allgemein aber sehr wohl negativ, selbst wenn die wenigen, gleichartigen Genvarianten, die man hat, tadellos funktionieren.
Da gibt es ja das schöne Beispiel vom Werkzeugkasten:
Hat man einen Kasten, in dem nur Hammer und Nägel sind, kann man halt nur Nägel einschlagen. Muss man aber irgendwas zurechtschnitzen oder aufschrauben oder abschleifen, steht man doof da. Eventuell kommt man auch auf die Idee, alle Probleme mit dem Hammer zu lösen, das geht dann idR schief.
Hat man einen gut ausgerüsteten Werkzeugkasten, ist man für jede Situation gerüstet und macht nicht aus versehen was kaputt, weil man mit falschem oder gar keinem Werkzeug arbeitet (oder die Arbeit halt nicht macht, weil man die Ausrüstung nicht hat).
Im Körper ist jeder Genvariante, die für's Immunsystem codiert, ist ein Werkzeug.
Wenige Gründertiere und der unvermeidliche spätere Genverlust und ebenfalls mit der Zeit (mehr oder weniger schnell) steigende Homozygotie bedingen, dass man mit wenigen Werkzeugen im Kasten starten und über die Zeit noch einige verliert.
Das Immunsystem macht nicht nur Infektionsabwehr, sondern auch (bei Überreaktion) Allergienen und bei nicht ausreichender Funktion (wenn entartete Zellen nicht erkannt und abgetötet werden) Tumore (bzw ist an deren Vermeidung beteiligt, wenn es gut funktionier).
Da kann also das, was der Hund hat, durchaus heile und funtionsfähig sein, eventuell ist es trotzdem nicht genug.