Daher die Frage: Was kann ich tun, um diese "kritische Phase", bzw. den Übergang zwischen dasein und allein bleiben zumindest abzumildern?
Aus der Ferne scheint sich zwischen dir und deinem Hund eine Dynamik entwickelt zu haben, die eine ungute (stressbehaftete) Wendung für den Hund genommen hat.
Hunde spüren sehr wohl, wenn wir sie als Anker in unserem Leben brauchen, und manche pflichtbewusste Kandidaten stellen sich da auch sehr gern zur Verfügung. Die beschatten einen dann ganz gerne und sind da, wenn man Halt und eine Stütze braucht. Gleichzeitig haben diese Hunde dann immer auch ein Auge auf uns und erspüren mit ihren feinen Antennen, wie es uns geht.
Wenn du nun völlig aus dem Einflussbereich eines so geprägten Hundes vollständig entschwindest, stresst es ihn. Er kann dich nicht weiter "überwachen" und bleibt hilflos zurück.
Ein Weg wäre, dem Hund schonend klarzumachen, dass du jetzt wieder selbst auf dich achten geben kannst. Das heißt, wenn dein Hund dir wie ein Schatten folgt, kann man ihn wegschicken, und wenn man ihn bei sich haben möchte, kann man ihn aktiv einladen statt dass sich der Hund ungefragt in Bett oder auf der Couch an einen dranwanzt.
Vielleicht kann man auch das eigene Mindset überprüfen und überlegen, welche Signale man an den Hund sendet. Schäferhunde sind sehr pflichtbewusste Hunde, die für ihre Besitzer alles tun würden, auch vorauseilend Dinge, die die Halterin gar nicht auf dem Schirm hatte 
Insofern kann sich nur etwas ändern, wenn man selbst die Verantwortung wieder übernimmt und den Hund gleichzeitig "aus seiner (selbstgewählten) Verantwortung" entlässt.
Also, in der Praxis, kann man dem Hund erklären, man geht jetzt weg, aber man kommt wieder, und bis dahin geht der Hund bitte auf seinen Platz (oder seinen Kennel oder offene Box etc). Ich würde auch den Radius etwas begrenzen und zb Fensterrollos nach vorne zum Eingang raus schließen bzw die Tür zu diesen Fenstern zumachen, so dass der Hund nicht hinterherschauen kann wenn ich gehe.
Wenn man den Hund immer wieder nach den gleichen Routinen auf den Platz schickt und das Haus verlässt, wird diese von dir festgelegte Routine ihm wahrscheinlich die Sicherheit geben, die er braucht, um dich gehen zu lassen ohne Stress zu empfinden. War bei meinem Kontrolletti jedenfalls der Fall.
Soweit meine Glaskugelinterpretation... ich glaube, deine Gedanken gehen in die gleiche Richtung, sonst hättest du uns nicht so detailliert eure Vorgeschichte erzählt. Falls ich mich irre, dann möchte ich euch aber natürlich auch nicht zu nahe treten. Dann überlies meinen Beitrag einfach 
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