Ich find' die Entscheidung, wie man den Hund am besten im Auto transportiert, auch von so vielen Faktoren abhängig, dass man da m.M.n. keine allgemeingültige "So und nur so ist's richtig"-Empfehlung geben kann.
Ich persönlich bevorzuge eine Box für den Hundetransport, weil a) der Hund bei einer Gefahrbremsung auf eine größere Fläche Wand aufprallt, statt auf Gurte vom Geschirr zu treffen, b) im Falle eines Unfalls Rettungssanitäter und Co. unbesorgt an mir und dem Auto 'herumwurschteln' können ohne Angst vor dem Hund haben zu müssen, und c) der Hund nach einem Unfall nicht in Panik durch eine offene Tür oder ein zerbrochenes Fenster hüpfen und davonlaufen kann.
Insofern sitzt mein mittelgroßer Hund (22kg, 55cm Schulterhöhe) in einer Box, die dort steht, wo eigentlich ein Teil der Rückbank wäre. Die hab' ich ausgebaut und die Box stattdessen dort verzurrt, sodass im Kofferraum noch Platz für Knautschzone/Gepäck/etc. ist. Aber, wie gesagt – andere Autos, andere Hunde = andere gute Lösungen.
Muss man im Einzelfall abwägen.