Gibt es da eine Ursache für, hast du das abklären lassen ? Collies neigen ja leider zu so Magen-Darm-Geschichten auch IBD ist nicht ganz selten. Ich kenne/kannte einige die Verdauungsprobleme hatten, teils sogar massive.
Wenn sie kochen vertragen, dann ist das doch schon mal was, wenn wenigstens was auf Dauer vertragen wird. Hast du es mit vorkochen versucht und es dann einkochen in Gläser oder einfrieren, geht das ? Wäre dann nur ab und an mal eine Aktion. Hab ich eine Zeitlang für den Urlaub gemacht, das in Einmachgläser eingekocht, muss man aber ewig einkochen, damit die Dinger zu bleiben. Ist nicht gerade Energieschonend.
Meistens hatten wir in der Vergangenheit Fellprobleme wie z. B. verblasste Farbe und raues, glanzloses Fell. Wenn ich das beim TA angesprochen hatte wurde immer behauptet die Hunde hätte doch schönes Fell. Klar meine Hunde versuche ich zu pflegen, sie werden regelmäßig gebürstet. Aber trotzdem sollte ein TA doch sehen wenn das Fell nicht in Ordnung ist. Für mich ist das doch ein Zeichen, dass irgendwo etwas nicht stimmt!
Magenprobleme gab es nur wenn ein Futter Kartoffeln, Reis oder sonstiges Getreide enthielt. Auch Bierhefe und zu viele Kräuter verursachten zu viel Magensäure. Durchfall gab es bisher vom Dosenfutter. Aber egal was ich füttere Indy macht einfach zu viele Haufen. Wodurch ich befürchte, dass er das Futter schecht verwertet und dadurch evtl. auch das Fell so schlecht ist, da die Nährstoffe wieder mit ausgeschieden werden. Ansonsten hat er keine Probleme wie Blähungen oder generell Durchfall was evtl. auf IBD schließen könnte. Habe es aber auch noch nicht abklären lassen, da ich eher an Unverträglichkeiten dachte. 
Ja kochen geht, da es dann auch nur Fleisch, Möhren und Hirse gibt, sowie Zusätze wie ein Vitamin-Mineral-Präparat von Napfcheck, Öl und immer mal wieder was für´s Fell. Ich koche auch meistens für 2 Tage. Sie vertragen auch Trockengemüse, aber nur wenn ich es ein paar Minuten koche und am nächsten Tag füttere.
Barf hatten sie auch vertragen, nur war ich dann irgendwann frustriert, dass trotz meiner Bemühungen das Fell einfach nicht besser wurde und ich mir dann dachte, dann kann ich auch Trockenfutter füttern. Wolfsblut z. B. hatten sie monatelang vertragen und dann irgendwann wurde öfter das ganze Futter von beiden erbrochen.
Habe im Moment hauptsächlich angefangen zu kochen, da ich dann ein paar Zusätze wie Darmsanierung und was für den Magen besser untermischen kann als unter´s Trofu.