Das kann so vieles sein.
Vielleicht tatsächlich vermehrte Unruhe, wenn er nachts alleine ist. Das muss nicht wirklich Angst sein, aber zumindest eine gewisse Ruhelosigkeit. Ich meine, wenn der Hund durchschlafen würde (was in dem Alter normal wäre), wäre er nachts auch "trocken".
Vielleicht auch eine Fehlverknüpfung à la "es ist gefährlich, sich zu lösen, wenn Frauchen daneben steht". Man ist ja manchmal absolut perplex, was Hunde so verknüpfen.
Dich aufzuregen bringt jedenfalls rein gar nichts, sondern könnte die Situation womöglich noch verschlimmern. Da es vor allem ein nächtliches Problem ist, würde ich mit ihm noch einmal später rausgehen. Und dann braucht er einen festen Platz für die Nacht, am besten eben bei Dir. Unterlasse jede Form der Aggression, wenn er sich drinnen löst. Er wird das vor allem mit Deiner Anwesenheit verknüpfen.