Einige Testanbieter werben teilweise offensiv mit fragwürdigen Erkenntnissen und verschweigen, dass eine einfache mtDNA oder Y-DNA-Analyse keine seriöse wissenschaftliche Aussage über die vorwiegende Abstammung bzw. Verwandtschaft zulässt, welche durch die autosomale DNA bestimmt wird. Nur wenige Testanbieter publizieren Erkenntnisse und die Basis ihrer Auswertungen in wissenschaftlich überprüfbarer Form. Zertifikate zu historischer Herkunft ("Clans", "Urvölker", u.a.) auf Basis von mtDNA oder Y-DNA sind somit kritisch zu betrachten, bzw. klar auf die maternale und paternale Linie einzugrenzen. Deren Stammbäume und mögliche Geschichte durch Vergleich mit archeologischen DNA-Funden, sind noch nicht bis in frühgeschichtliche Zeiten wissenschaftlich ausreichend erforscht, sodass sehr viele Aussagen auf Annahmen beruhen. mtDNA und Y-DNA tragen außerdem nur einen sehr geringen Anteil der gesamten Erbinformationen. Auch die Abstammung von historischen Persönlichkeiten, von denen DNA analysiert wurde (Ötzi, Tutanchamun, u.a.), ist genetisch nicht eindeutig beweisbar, da die zufällige Mutationsrate der Marker bei Y-DNA und mtDNA keine eindeutige Zuordnung der Generation zulässt, sodass nur die Nähe der Verwandtschaft in der Haplogruppe bestimmbar ist. Außerdem beruhen die Vergleiche mit historischer DNA oft auf zu wenigen Markern, bzw. unpublizierten Erkenntnissen. Auch die Massenmedien tragen ihren Anteil an unseriösen überspitzten Berichten zu sensationshungrigen Rückschlüssen aus DNA-Analysen.[12] Noch deutlicher ist die Kritik bei medizinischen Vorhersagen zur Gesundheit auf Basis von DNA-Analysen, da der Stand der Forschung noch rudimentär ist.
Während die Analyse einiger weitverbreiteter Marker bei mtDNA und Y-DNA noch relativ harmlos ist, markieren "Private SNPs" bereits die Verwandtschaft in dieser Linie. Die Analyse von autosomaler DNA markiert den Probanden und die nähere Verwandtschaft besonders umfassend. Bereits 70 Marker können reichen um eine Person zu identifizieren.[13] Deshalb sind beim Einsenden von DNA-Proben, der Lagerung, Analyse und Abspeicherung derselben durch Firmen, sowie beim Veröffentlichen von Informationen die Konsequenzen zu beachten.