Oh man....da habt ihr ja echt schon ordentlich was durch gemacht.
Ich habe mit einem meiner zwei Hunde auch viel durch und dachte zwischenzeitlich er verträgt nichts mehr.Ich schreibe auch mal einen langen Text 
Was mir zuerst zu eurer Problematik einfällt, Thema Allergie. Es scheint ja eher eine Vermutung zu sein und bei der Symptomatik würde ich wirklich den Allergietest machen. Dann könnte man schon mal ausschließen ob sie das Futter wegen Allergie oder anderen Gründen nicht verträgt. Da sie sich jetzt ja auch an den Pfoten leckt würde ich ein Hypoallergen Futter (Hills, Royal Canin) geben, auf den Test warten. Der Körper scheint ja regelrecht „Hilfe“ zu schreien und da würde ich nichts versuchen. Genau dafür gibt’s die Tierarzt Futter, obwohl sie gerne schlecht geredet werden. Es muss Ruhe reinkommen und da würde ich mit dem Futter beginnen.
Bei den Medikamenten und so viel Krankheit ist der Magen Darm Trakt und der ganze Körper so belastet, das es lange dauern kann (hier waren es Monate). Darmaufbau (Bactisel o.ä.) würde ich einmal machen. Auch nichts zwischendurch an Keksen, Kaukram.
Die Giardien haben uns genauso lange wie Nino so geschwächt war, immer wieder Hallo gesagt. Es war der Horror. Ich lege dir Usniotica von pernaruram ans Herz. Gibt’s immer wieder, bis jetzt sind wir Giardien frei. Andere hier sind davon auch begeistert und empfehlen es gerne.
Hier kam mit dem richtigen Futter und viel Zeit wieder Ruhe rein.
Wie sieht’s mit der Bauchspeicheldrüse aus, Blutwerte: CPLI, Amylase, Lipase ? Das war bei uns teilweise so hoch das es nicht messbar war. Das sollte bei der Symptomatik mitgemacht worden sein wen die Ärzte mitdenken, sonst würde ich das checken lassen.
Inwiefern das Problem der kurzen Nase in eurem Fall mitspielt ist etwas was ich gedanklich auch im Hinterkopf habe. Da wird aber auch eine gute Tierklinik wenig helfen können. Da würde ich vielleicht über den Besuch beim Spezialisten nachdenken. Ich will gar nicht anklagend Qualzucht und dann noch Merle/Merke schreien, aber bei der Geschichte würde ich auch das abklären lassen. Einfach weil ja kein Ruhe reinkommt und der Hund ja echt leidet. Hier leben drei Boston Terrier bei einer Bekannten einige Häuser weiter. Der eine wurde operiert, obwohl es gerade bei dem hieß freiatmend, verhältnismäßig viel Nase, kaum bis keine Atemgeräusche. Alle 3 wurden bei Dr. Schrader vorgestellt und der offensichtlich gesündeste, war aber der wo am wenigsten stimmte. Er hatte auch oft mit Magen Darm Geschichten zu tun. Das ist jetzt fast weg. Frauchhen dachte wegen Futterwechsel, war aber auch recht zeitgleich mit der Op.
Ich wünsche euch gute Besserung und hoffe ihr findet einen Weg. Hier war er auch echt lang und nervenaufreibend und hat nebenbei auch Tausende Euros verschlungen. Ich weiß wie blöd so etwas ist und hoffe ihr findet des Rätsels Lösung.