Das "totkochen" ist ein Lieblingsschlagwort der Hardcorebarfer. Würde es stimmen, könnten sich weder Mensch noch Hund von gekochter Nahrung ernähren. Richtig ist, dass gewisse Veränderungen und Verluste (manchmal auch Gewinne) eintreten; das Ausmass ist je nach Nährstoff verschieden. Gewisse empfindliche Vitamine sind, wie von Steve schon genannt, am stärksten betroffen.
Mineralien sind zwar nicht hitzeempfindlich, können aber beim Kochen ausgewaschen werden (deshalb wird bei gegartem Fleisch für den Hund empfohlen, das Wasser mit zu verwenden). Grundsätzlich gilt: je höher ein Grundnahrungsmittel verarbeitet ist, umso höher auch die Verluste. In der Nudel sind fast nur noch die Kohlenhydrate des Weizenvollkorns übrig; die Vitamine und die meisten Mineralien sind da tatsächlich weg.
Ich glaube nicht, dass vergleichende Studien zur Verdaulichkeit von extrudiertem versus kaltgepresstem Futter existieren - ich habe jedenfalls vergeblich nach Info gesucht. Man sagt, kaltgepresst sei näher am Rohen und daher schwerer verdaulich, aber das Extruderfutter braucht dafür viel Zeit zum Quellen..... 
Künstlich hergestellte Vitamine (und darunter fallen auch die biotechnologisch hergestellten) sind beim Beheben von Mangelerscheinungen den natürlichen fast gleichgestellt, sofern man gewisse Eigenheiten bei der Resorption beachtet. Es gibt allerdings Hinweise, dass überschüssige Vitamine aus natürlichen Quellen (also samt der Quelle) eher aus dem System ausgeschieden, als die künstlichen. Die Sachlage ist da allerdings auch nicht klar, und entsprechend vollmundig sind die Behauptungen der Vertreter beider Lager.... Tatsache ist nur, dass die Bedarfswerte der fettlöslichen und daher speicherbaren Vitamine für den Hund ständig nach unten korrigiert werden.... Zusätzlich wirkt erschwerend, dass der Hund z.B. Vitamin aus gewissen Vorstufen synthetisieren kann - ein Hund, der Karotinoide mit der Nahrung erhält, braucht weniger Vitamin A als einer, der nix davon kriegt.
Zurück zur Frage des Mischens: Wer Trennkost befürwortet, wird achtstündige Verdauungspausen zwischen den Mahlzeiten beantragen. Wer denkt, dass im Trofu eh alles gemischt ist, wird auch das mischen. Als Bewohnerin eines Landes, dass Kompromisskultur pflegt, würde ich folgendes vorschlagen: den Übergang fliessend gestalten, aber die Mahlzeiten trennen. Also das alte Futter morgends, das neue abends. Ich füttere Trofu nur am Morgen und unterwegs als Belohnung, und habe das neue Futter erst als Leckerli gegeben. Nach einigen Tagen habe ich das Trofu gewechselt, und seither gibt es das extrudierte als Leckerlie....
Ach ja, vor ca. 15 Minuten habe ich extrudierdes, gebackenes und kaltgepresstes Trofu in Wasser eingeweicht. Beim kaltgepressten sind inzwischen deutlich am meisten kleine Schwebepartikel im Wasser.