Ich würde die Kleine nicht allein lassen. Eine Stunde ist schon noch ganz schön lange für so einen jungen Welpen.
Es ist normal, dass man sich beim ersten Hund mit der Situation überfordert fühlt. In der Theorie ist alles einfacher aber das sollte irgendwann vorbeigehen wenn dein Hund und du ein Team geworden seit.
Ich halte nichts davon einen Welpen in der Wohnung in eine Box einzusperren. Dazu gibt es aber unterschiedliche Meinungen.
Wenn du sie in einer Box im Auto transportieren möchtest würde ich ihr dort leckere Kauartikel geben und die Box erst zumachen wenn der Welpe entspannt auf dem Kauartikel kaut und nicht mitbekommt, dass die Box kurz geschlossen ist. Welpen suchen Anschluss an ihr "Menschenrudel" und das bist du jetzt.