Zu der Sache mit den zwei Hunden würde ich versuchen mal vermehrt "Spiele"/Übungen zu machen, bei denen der jeweilige Hund auf seinen Namen reagieren muss und beim Namen des anderen Nicht reagieren darf/soll. Zb beide müssen Sitz machen und du legst ein Leckerchen hin. Nehmen darf es nur der Hund, der angesprochen wurde. Das geht aber natürlich nur mit Hunden ohne übermäßigen Futterneid. 
Wenn das noch zu schwierig ist, würde ich mit den Hunden einzeln trainieren auf den jeweiligen Namen zu hören. Zb immer Name nr 1 rufen, und bei Blickkontakt ein Leckerlie geben (Nummer 2 bekommt nichts, auch wenn er guckt) und mit dem anderen Hund natürlich auch dasselbe Spiel. Dabei ist es sicher hilfreich, dass die Leckerlies interessant genug sind, um sich dafür zu interessieren, aber nicht so interessant um total darauf fixiert zu sein.
Als vorübergehende Lösung für so Sachen wie ins Körbchen schicken würde ich einfach deinem Hund ein Komando geben (zb Sitz), den anderen Hund ins Körbchen schicken und dann das Kommando von deinem wieder auflösen - vielleicht funktioniert es ja so 
@oregano : machst du dir eher um die Nährstoffe oder um die geringe Futtermenge sorgen? Wegen der Futtermenge und ihrem eher schlechten Appetit würde ich mir keine Gedanken machen, solange sie ihr Gewicht hält. Es gibt auch Hunde die wenig Hunger haben und das Futter sehr gut verwerten können.
Was die Nährstoffe betrifft, bist du ja beim Barfen/kochen eh ziemlich flexibel. Da würde ich (sofern möglich) alles was wenige Nährstoffe hat reduzieren bzw weglassen und eher Sachen mit hohem Nährstoffgehalt geben. Also zb wenige/keine Kohlenhydrate und nicht mehr fett als nötig. KH und vor allem Fett wirken ja auch sättigend. Und je nach dem um welche Nährstoffe du dir insbesondere Sorgen machst, kannst du die auch großteils mit Pulvern supplementieren bzw den Innereienanteil ein bisschen erhöhen.
Wie wenig isst sie denn? Meiner hat zwar einen riesigen Appetit, nimmt aber extrem leicht zu. Bei uns gibt es normalerweise auch nur 2/3 der empfohlenen Futterration, weil er sonst einfach zu moppelig wird.