Das Thema Alleine sein bei Hunden finde ich immer sooo interessant, weil es echt total unterschiedlich sein kann, je nach Exemplar. 
Bei Ruby hab ich es so gehandhabt, dass ich immer wieder Türen geschlossen habe oder mal den Müll rausgebracht oder die Post reingeholt habe usw. und sie dann alleine sein musste. Immer, wie selbstverständlich, ohne Begrüßung wieder reingekommen und weitergemacht.
Irgendwann fingen wir dann an, sie mal 10, mal 20 Minuten komplett alleine zu lassen und mit Kamera aufzuzeichnen. Sie tat all das, was sie nicht durfte... Ging aufs Sofa, lief über die Fensterbänke (waren in unserer alten Wohnung niedrige) und schaute sich durchs Fenster die Gegend an.
Irgendwann stellte sie dann auch Blödsinn an, aus Langeweile. Kong hat sie immer schnell leer gekriegt, Kauzeug ebenso. Und alleine spielen, kam für Madame nie in Frage. Also, was kann man in dieser Bude noch so alles interessantes anstellen? Tapeten waren dann ihre neuste Entdeckung und wir mussten sie schließlich so weit räumlich begrenzen, dass sie nur noch im Flur sein durfte... das arme Krümelchen. ^^
Also sie hat nie geweint oder so, aber sie hatte einfach Langeweile und hat deswegen die Bude auseinander genommen.
Als ich dann, nach meinen knapp 7 Wochen Ferien, wieder zur Schule musste, kam meine Mutter immer und ging mit ihr raus. Ruby musste allerdings nur 1-3 Tage die Woche mal für 2-5 Stunden alleine bleiben, da mein Mann in einem Schichtsystem arbeitet, das ziemlich "flexibel" ist.
Dennoch: Irgendwann hing sie TOTAL an mir. Lief mir überall nach, wollte immer bei mir sein und fands extrem doof, wenn ich sie ausgesperrt habe (Tür kratzen war dann auch kurzzeitig mal ganz toll).
Mitte November habe ich aus persönlichen Gründen (hatte nichts mit Ruby zu tun) die Schule abgebrochen und schon nach kurzer Zeit hörte dieser Kontrollzwang auf. Ich war mehr zuhause und fing auch an über mein Verhalten ihr gegenüber nachzudenken. Mittlerweile darf Ruby aufs Sofa, manchmal sogar ins Bett ^^ und ich habe das Gefühl, dass uns beiden das unheimlich gut tut.
Wenn ich sie jetzt alleine lasse (und das geht bis zu 6 Stunden!), ist das überhaupt kein Thema mehr. Sie schläft, nachdem sie ihren Kong oder das Kauzeug weggefuttert hat und hat keine Tapete oder sonstwas mehr angerührt.
Ich glaube, bei uns spielt dieser innige Kontakt wirklich eine große Rolle. Und ich bin sicher, dass man bei jedem Hund das Alleine bleiben auf eine andere Art und Weise trainieren muss. Es kommt auf das Verhalten des Hundes und die daraus resultierenden Gründe an. WARUM zerstört er die Wohnung (Langeweile? Frust? Nicht ausgelastet?) oder warum heult er (Trennungsangst? Kontrollverlust? ...) etc. ?
Kann zwar niemandem einen wirklichen Rat geben. Aber ich hoffe, dass euer Training Fortschritte bringt und ihr eure Vierbeiner bald beruhigt auch mal alleine lassen könnt. Das ist wirklich sehr viel wert und ich bin so dankbar dafür, dass Ruby mir dieses Problem erspart hat. 
EDIT: Weil es mal gefragt wurde... Wenn ich Ruby alleine lasse und dann wieder komme, kommt sie schon sofort zur Tür (oder steht oft schon davor, weil sie weiß, dass ich es bin) und freut sich riesig mich zu sehen. Ich streichel sie dann auch kurz und sage "Hallo Ruby", aber mache daraus jetzt auch keine riesen Party. Ich würde da auch klar unterscheiden und schauen, wie mein Hund eben ist. Ich finde es schön, begrüßt zu werden und dulde das auch. Wenn ich aber wüsste, dass sie mein Hund dadurch total aufdreht oder stundenlang vor der Tür sitzt und wartet bis ich heim komme (also Stress hat), würde ich dieses Begrüßungsszenario auch weglassen.
Beim Üben haben wir das auch nicht so gemacht, wie oben schon geschrieben. Das machen wir erst seit einigen Wochen so, seitdem ich sicher bin, dass es bei Ruby ok ist.