Ich kann das total nachvollziehen mit der angespannten Grundstimmung - genau das kenn ich auch von meinem jetzigen Hund. Der hat mich die ersten 4 Monate auch die letzten Nerven gekostet und iwann war ich so fertig, das bei uns beiden nix mehr ging. Er hat auch nach mir geschnappt - allerdings ohne Knurren da ihm das vorher aberzogen wurde
- und er hat wüst nach mir geschnappt und einige Leute in meinem Umfeld auch gebissen. Das war seine bisherige Strategie um sich unliebsame Menschen vom Leib zu halten - bis er zu mir kam hatte er auch mehr als 3Jahre gute Erfahrungen damit gemacht und galt als "bissig".
Er wird nie der Mega-Kuschel-Hund werden, aber wir haben einiges erreicht. Med. Abklärung hat einiges zutage gefördert (HD, SDU) und ansonsten habe ich monatelang meinen Tag und meinen Alltag sowie alles Handling am und mit dem Hund auf seine Befindlichkeiten ausgerichtet - schon alleine weil ich bei ihm nicht mit Druck weitergekommen wäre............ der hätte mir nämlich was gehustet 
Sämtliche Situationen wo ich ihn hätte herausfordern können habe ich einfach gemieden bzw auf später verschoben. Filzknoten im Fell sind kein Weltuntergang, die hab ich dann 5Monate später rausgeschnitten. Abputzen der Pfoten ging ebenfalls nicht - so what, dann putz ich halt hinter ihm her. Ich habe ganz bewusst auf meine Körpersprache geachtet (schult ungemein die Selbstbeherrschung
) und mich nie über ihn gebeugt, nie frontal vor ihm gestanden, nie ins Gesicht geschaut.
Gleichzeitig Entspannungssignal geübt, kleine Tricks mit Clicker einstudiert, Grundgehorsam gefestigt, kleine Nasenspiele gemacht. Das Bürsten an heiklen Stellen habe ich mit Hilfe der intermediären Brücke und bergeweise Leckerlies eingeübt - wurde er dabei angespannt (ja, das ist das allerwichtigste bei so einem Hund: ihn immer beobachten und jede Regung lesen lernen) dann habe ich den Kopf weggedreht, die Blick abgewandt, in besonderen Fällen habe ich mir mit der Zunge geschwind über die Lippe geleckt...... und Hund hat es verstanden !!!
Er war und ist jedes Mal absolut begeistert wenn ich seine angespannte Körperhaltung - die ja in dem Moment eine leichte Drohung bzw Warnung ist - mit Abwenden und Wegschauen quittiere. Springt dann begeistert auf, schleckt mich ab und freut sich einen Affen das Frauchen ihn so toll versteht
Dein Hund habt ja offensichtlich auch schon häufiger Erfolg mit seiner Schnapp-und Knurrstrategie gehabt und festigt das jetzt bei dir. Hunde sind Weltmeister darin, leichte Unsicherheiten oder auch nur minimale Zweifel beim Menschen zu erspüren - er merkt das du verunsichert bist, das verunsichert ihn auch und so schaukelt sich das hoch.
Ich würde erstmal eindeutig die Box entsorgen - wenn er die erste Zeit seines Lebens darin gehalten wurde dann hat er bestimmt keine wirklich positive Einstellung zu diesem Ding. Wenn er nun dort auch noch "strafsitzen" muss dann fördert das seine Beziehung nicht wirklich. Vielleicht tuts ein großes Körbchen oder so ja auch - obwohl ich einen Hund nie "zur Strafe" auf seinen Platz schicken würde.
Auch das schlafen im Bett - ganz ehrlich, ich finde das momentan zu gefährlich. Ich bin bestimmt keine Vertreterin der Rudelhierarchie-Theorie und zu allerlei Verrücktheiten und Zugeständnissen bei der Erziehung bereit - aber einen knurrenden und schnappenden Hund würde ich nie niemals nicht neben mir im Bett haben wollen.
Das Bett könntest du als Belohnungskuscheln aufbauen, als eine kurze Zeit am Tag an der ihr beide auf dem Bett kuschelt und Nähe zulasst.
Mir kam auch grad der Gedanke, ob ihn die offensichtliche Enge in deinem Zimmer mit dir vielleicht überfordert? Also die Tatsache, daß ihr zwei ja offensichtlich nicht so wahnsinnig viel Platz habt und er sich dadurch unter ständiger Beobachtung fühlt / soviel Nähe nicht gewohnt ist / sich trotz allem bedrängt fühtl?
Es ist schwierig mit so einem Hund, man braucht wirklcih unendlich viel Zeit und Geduld um dem Hund das verlorene Vertrauen in den Menschen wiederzugeben. Er braucht ganz viel Zeit um zu lernen, daß er sich immer auf dich verlassen kann, daß du für ihn da bist, daß du ihn verstehtst, in unterstützt, ihm nichts Schlechtes willst.
Das mag sich vermenschlicht anhören - aber ein Hund fühtl sich in aggressiver Grundstimmung auch nicht wohl, es stresst und macht unglücklich. Und jetzt musst du ihn eben vom Gegenteil überzeugen......... 
Einen speziell geschulten TA aufzusuchen ist eine gute Idee, ansonsten helfen dir in der nächsten Zeit vielleicht Bachblüten für dich
und ein gutes Management im Alltag mit dem Hund. Verabschiede dich vorrübergehend von Anforderungen, Erwartungen und Trainingseinheiten, sei cool und souverän und freunde dich mit dem Gedanken an, daß die Haltung so eines Hundes eine spezielle Aufgabe ist und das es eine ganze Weile dauern kann.