Wenn deine Hunde das nicht nehmen, würde ich schauen ob kurzes überbrühen oder andünsten reicht damit sie es fressen - gerade so, dass es von außen angegart ist, damit die Knochen eben nicht zu sehr erhitzt werden.
Wenn du wirklich "durchkochen" musst, wäre ich vorsichtiger. Dann würde ich es ein bisschen von der Fischgröße abhängig machen - bei kleinen Fischchen hätte ich weniger Sorgen als bei großen die schon richtig kräftige Knochen haben. Da würde ich die dickeren Gräten (Wirbelsäule plus Anhängsel) schon rausnehmen, wenn sie gekocht sind.
Abby liebt Fisch und bekommt daher alles roh und im ganzen (aber ausgenommen!) was ich so kriegen kann - von Sardinen über Heringe bis hin zur Regenbogenforelle.
Nur einmal, als es den Kopf eines ziemlich alten 10kg Fisches geschenkt gab, da habe ich den Kiefer lieber rausgenommen - die Zähne waren Rasiermesserscharf und der Kieferknochen auch alles andere als weich (wie bei einem Hering, zum Beispiel), das war mir doch zu heikel...