Langfristig führt eine Hemmung der Magensäure zu einer schlechteren Aufnahme bestimmter Nährstoffe - es kommt zu Mangelerscheinungen! Die Hemmung von Magensäure führt außerdem dazu, dass Keime nicht mehr genügend abgetötet werden (die Säure "desinfiziert" ja quasi auch das Essen) und daher weitere Probleme dazu kommen.
Ich kann mich deinen Ausführungen nur anschließen.
Säureblocker bzw. PPI (....also sog. Protonenpumpenhemmer) wurden für kurzfristige Anwendungen entwickelt. In der Langzeittherapie sind die Nebenwirkungen nicht unerheblich und für einen Hund mit einem ohnehin schon angeschlagenen bzw. geschwächten Verdauungsystem unter Umständen auch fatal.
Durch die dauerhafte Säureblockade kann eine Fehlbesiedlung des Magens mit Bakterien erfolgen, die normalerweise nicht im sauren Milieu überleben können. Infolgedessen können verstärkt Infektionen z.B. durch Clostridien oder Salmonellen auftreten. Die Folge: Eine Darminfektion mit starkem Durchfall.
Wenn PPI länger als 3 Monate eingenommen werden, erhöht sich das Risiko für eine Magen-Darm-Erkrankung um das Dreifache. Neben Verdauungsstörungen erhöht sich auch das Risiko, Nahrungsmittelallergien zu entwickeln. Es gibt darüber zahlreiche weltweite wissenschaftliche Publikationen in der medizinischen Fachliteratur.
Auch Kalzium, Magnesium und Eisen werden in einem sauren Milieu besser aufgenommen.Steigt der ph-Wert des Magens durch die Wirkung des Säureblocker an (.....der Magensaft wird weniger sauer), können sie schlechter resorbiert werden. Auch das zur Blutbildung essenzielle B12 wird durch PPI in seiner Produktion eingeschränkt und langfristig kommt es zu einem Mangel....auch wieder mit entsprechenden Folgen für das Verdauungssystem( verminderte Nährstoffaufnahme, Durchfall).
Ich halte es für sinnvoll, den Spiegel von Mineralstoffen und besonders B12 bei einer Langzeittherapie regelmäßig zu kontrollieren, auch wenn der Blocker schon ausgeschlichen wird.
Das Absetzen des Medikamentes sollte immer im Rahmen einer "Step-down-Therapie" erfolgen. Das Reboundphänomen ist hier ja schon beschrieben worden und ist für den Hund äußerst unangenehm ( schlimmes Schmatzen, Brechreiz, Magengrummeln usw.)
Step-down bedeutet nicht nur das Ausschleichen des Säureblockers, sondern auch die Auslöser der vermehrten Säureproduktion erkennen und ggf. vermeiden.......wie Stress, Überforderung bzw. Überdenken der Lebenssituation des Hundes, Lebensmittelunverträglichkeit, Schwäche der Bauchspeicheldrüse, Störung der Darmmotilität, aber auch jahrelange Fehlernährung.
Mit einer genau an den Hund angepassten "Diät" bzw. Schonkost ( ja....auch selber kochen wäre eine Option 
) kann man unter Umständen schon viel erreichen. Löst natürlich nicht alle Probleme.....und schon gar nicht sofort. Magen-Darm-Geschichten erfordern viel Geduld und auch die Bereitschaft, von bekannten Ernährungsformen Abschied zu nehmen.
Bin ja der Jütland-Fan ( Tranum-Strand), aber war leider schon lange nicht mehr da 
.....aber Süppchen sind auch was Feines. Babygläschen schmecken fürchterlich. Ich habe die früher für den Hund nachgewürzt