ich habe das Gefühl, dass er gar nicht richtig verdaut
Ich denke auch, dass dein Hund schon lange Zeit mit einer Nahrungsmittelunverträglichkeit zu tun hat. Anzeichen gab es ja genug ( Sodbrennen, Unruhe, Gras fressen, Gewichtsabnahme) und die Magenspiegelung hat ja auch entsprechende Ergebnisse geliefert.
Bei einer Allergie lösen bereits geringe Mengen des Allergens eine heftige Reaktion aus. Bei einer Unverträglichkeit hängt die Intensität der Symptome vor allem von der Menge der unverträglichen Nahrungsbestandteile ab. Insofern bleib eine Unverträglichkeit beim Hund oftmals lange Zeit unentdeckt, weil die Symptome mal mehr und mal weniger heftig auftreten und Hunde ihr Unwohlsein auch nicht immer klar "mitteilen" können.
Die häufigste Ursache einer Nahrungsmittelunverträglichkeit ist ein angeborener oder erworbener Enzymmangel. Das erklärt auch das Ausscheiden von unverdautem Futter. Dein Hund kann die ihm zugeführten Nährstoffe nicht aufnehmen und wird dadurch natürlich auch immer dünner.
Helicobacter nutzt den "angeschlagenen" Magen des Hundes aus und greift zusätzlich massiv in der Stoffwechsel der Magenschleimhautzellen ein. Dadurch nimmt die Produktion der Magensäure zu und es kommt langfristig zu chronischen Entzündungen.
Ehrlich gesagt würde ich mich sofort von den üblichen Ernährungsformen für Hunde verabschieden und gezielt Säure-reduzierte, leicht verdauliche ( gekochte) Schonkost füttern. Es gibt Grundelemente für eine Basiskost aus Lebensmitteln, die in der Regel von vielen Hunden gut vertragen wird.
Dazu gehört:
Porridge ( Schmelzflocken, leicht gesalzen, in Fleisch-oder Gemüsebrühe gekocht) beruhigt den Magen und hilft akut bei Sodbrennen
Kartoffelpüree, weich gekochte Salzkartoffeln (mehlig), ggf. fertige Schonkostflocken, z.B. von Lunderland
mageres Fischfilet, gekochtes Hühnchen ohne Haut
weich gekochte Eier
Möhren, Kohlrabi, Blumenkohl, Zucchini, Kürbis ( weich gekocht oder mit Kartoffeln püriert als Basensuppe)
Weißbrot ( vom Vortag)
Zwieback ohne Zucker
Wenn Pferd und Kartoffeln Bauchweh verursachen, dann sind selten Kartoffeln daran schuld. Bei einem Amylase-Mangel wird zwar auch Stärke nicht vertragen, aber das äußert sich in der Regel mit Durchfall. Wenn Barf (Rind) die nächtliche Unruhen verstärken, dann ist der Magen mit der Verdauung überfordert. Kann vom Rind selbst kommen, aber auch durch einen Mangel an Proteasen, die für die Proteinverdauung zuständig sind.
Bei massiven Beschwerden wie Verätzungen der Speiseröhre durch Sodbrennen/Reflux bis hin zu Magenbluten hätte ich persönlich auch eine spezielle vegetarische Ernährung in Erwägung gezogen. Muss ja nicht für immer sein. Mit dem systematischen Zufügen einzelner Lebensmittel/Fleischsorten, kann man dann überprüfen, ob die Schmerzen wieder zunehmen.
Alles Gute für deinen Hund und dass er schnell wieder zu Kräften kommt 
