zunächst einmal glaube ich nicht, das Hundi schon stubenrein is, da welpen ihre Blase noch garnicht kontrollieren können.
desweiteren finde ich es viel viel zu früh, ihr jetzt das allein sein beibringen zu wollen. Ihr habt sie erst seit 2 Wochen, sie is noch garnicht richtig angekommen und wird "verlassen", klar das sie Angst hat und verunsichert is.
Gib ihr einfach nen bissle mehr Zeit, und übe das alleinsein wesentlich später. Ebenso solltest du dich nicht so sehr darauf versteifen, das sie stubenrein is, denn das wird sie noch nicht richtig sein, glaube ich zumindest nicht.