Der Hund hat ein total verkorkstes Reinlichkeitsverhalten (das kann richtig richtig schwierig bleiben bis auf weiteres), der ist noch sehr jung und mitten in der "menschenkompatibilitätsausbildung". Nur weil du JETZT den Hund sehr genau und absolut eng betreuen musst (Augen auf wg stubenreinheit, Aufpassen beim indiebox packen etc.) heisst das eben NICHT dass du das ewig machen musst. Du musst es ihr nur ordentlich beibringen. Und dazu gehört eben, dass du das anleitest und pädagogisch dosiert anwendest und abverlangst. Nicht einfach voraussetzen und abverlangen.
die box hast du anfangs evtl. richtig aufgebaut, sie ist aber noch nicht so weit, dass du sie da einfach reinpacken kannst. mach sie ihr wieder schmackhaft (Wurststückchen reinkullern lassen, Hund geht rein - feiiiiin, noch ein Wurststückchen zur Belohnung), gib ihr Favoriten Leckerlies in die Box, LASS DIE TÜR OFFEN! Wenn sie wieder sicher und entspannt rein geht, mach die Tür zu, wurtstück, sofort wieder auf. wenn sie entspannt bleibt, lass die Tür länger zu. NUR SOLANGE SIE ENTSPANNT BLEIBT. Und BEVOR sie unentspannt wird, holst du sie raus (per Kommando oder locken, nicht rausangeln und zerren oder so). Konsequent üben, dann schafft sie in ein paar Wochen auch wieder ein auf Kommando reingehen und drinne bleiben (für kurze Zeit). wenn du sie beim putzen in die Box packen willst, bring ihr das auch bei: sobald sie entspannt rein geht und drinne bleibt (auf dein Kommando) nimmst du z.b den Putzeimer, oder den Staubsauger (den du dir zu diesem Trainingszweck vorher in Griffweite gestellt hast). Aufstehen, Sauger an, Sauger wieder aus (nicht rumsaugen, Sauger an/Sauger wieder aus), FEIIIIINER Hund loben und Wurtstückchen. am nächsten Tag wiederholen. bis der Hund gelernt hat, was du von ihr willst, nämlich während du putzt ruhig in der box bleiben.
Die Abendsituation würde ich persönlich wirklich anders lösen. Soll sie für immer abends im Flur wohnen? Ja? Dann übe das mit ihr, hoffe das sie das verkraftet und mach die Tür zu. (wie man das übt, frag die Trainerin, nicht "sanft" sondern zielgerichtet und flott)
Wenn du sie aber grundsätzlich schon auch ins Wohnzimmer lassen möchtest, dann fang heute abend damit an.
Ja, bis sie sich draussen sicher löst und drinnen nicht mehr, muss du aufpassen wie ein Luchs. Ja das ist anstrengend. Nein, da gibt es keine andere Möglichkeit, wie soll sie lernen was sie soll, wenn sie es nicht macht. 
Pack sie in eine offen Kiste oder in einen Laufstall, wenn du ins Bad gehst etc., Und rechne halt damit, dass du das Innenleben wechseln und waschen musst.