Ich würde einfach mal einen Versuch starten:
Anderes Futter, zu ungewohnter Uhrzeit, in einem anderen Napf, an einer anderen Stelle in der Wohnung abstellen und kommentarlos den Raum verlassen. Wenn das problemlos gefressen wird, würd ich eher an eine Fehlverknüpfung denken...
Ich hatte auch ein Hund der mit solchen Fehlverknüpfungen Probleme hatte. Sobald ich da zu viel Interesse an seinem Futter hatte, hat er das Fressen einfach eingestellt. Da kommt man schnell in eine Spirale: je mehr der Hund zögert, desto stärker versucht man Aufzufordern und desto stärker zögert der Hund...und so weiter.
Raus kommt man da nur noch mit Geduld und Desinteresse am Fressverhalten (Napf abstellen und kommentarlos den Raum verlassen hat bei uns gut funktioniert).
Gesundheitliches kann natürlich auch dahinter stecken und sollte abgeklärt werden.