Hallöchen,
ich fasse mal für mich zusammen, um sicher zu gehen, dass ich alles richtig verstanden habe:
Dieser "Pilz" ist seit etwa 3 Wochen vorhanden, andere Hunde stecken sich nicht an. Vorher bekam er RoyalCanin, nach der Futterumstellung ist es besser geworden.
Erstmal würde ich eine Kopie des Laborergebnisses von der Tierärztin einfordern (das steht dir zu diese Unterlagen in Kopie zu erhalten). Geh damit mal zu einem anderen Tierarzt und lass dir den Befund erklären, wenn deine Tierärztin sich so schwammig äussert. Denn ein Laborbefund ist nicht schwammig - entweder hat er einen Pilz oder er hat keinen. 
Hefepilzinfektionen treten häufig bei Allergien oder Unverträglichkeiten auf. Das ist ein nicht-ansteckender Pilz, der sich nicht so rasant ausbreitet wie "normale" Pilzinfektionen.
Das passt auch gut zur Futterumstellung und deutet für mich auf eine Allergie oder Unverträglichkeit gegen Getreide hin.
Denn ja, deine Tierärztin hat mit ihrer Bezeichnung recht und du hast ja auch bereits festgestellt, dass in RC kaum Fleisch enthalten ist.
Ich würde wie gesagt den Laborbefund einmal besprechen mit einem Tierarzt, der dir das einmal ordentlich erklärt, denn Vermutungen ohne Festlegungen trotz Laborbefund lösen in mir persönlich ein schlechtes Bauchgefühl aus was diese Tierärztin betrifft.
Alles Liebe
Mona
