Vielleicht war das Boxentraining einfach zu schnell, weil so sehr wohl fühlt sie sich in der Box auch nicht.
An deiner Stelle würde ich nochmal ganz von vorne anfangen, mit oder ohne Hilfe der Box. Einmal anständig gelernt, kann sie es ein Leben lang. Umso länger sie das alte Muster beibehält, umso schwieriger wird es, ihr das alleine bleiben beizubringen. Kannst du denn auch in den Keller gehen, ohne das sie anfängt zu weinen?
Es gibt recht wenige Hunde, die tatsächlich nicht alleine bleiben können, aber so welche sind mir noch nie begegnet.
Wichtig ist auch, dass du die Ruhe in Person bist, wenn du gehst; bist du nur ein klein wenig unruhig, wird Carina auch unruhig.