2 Wochen ist eine sehr kurze Zeit.
Vor allem für einen verängstigten Straßenhund der vermutlich noch nie das Leben, das er jetzt führt, kennen lernte.
Vielleicht wird sie noch Wochen/Monate die Box als "ihr Zuhause" sehen.
Vermutlich wird sie ihr gesamtes Hundeleben eher unsicher sein und viel Zeit brauchen um sich an neue Situationen zu gewöhnen.
Sicher sagen kann das keiner.
Als kleiner Vergleich:
Mein ausländischer Hund (damals 2.5 Jahre) war und ist sehr sicher, souverän, alltagskompatibel, aufgeschlossen, mit so ziemlich allen Alltagssituationen vertraut gewesen.
Trotzdem hat auch er ca. 3 Monate gebraucht um bei uns "anzukommen".
Also - 2 Wochen ist wirklich keine Zeit 
Ihr macht in so kurzer zeit schon viele Fortschritte - Streicheln, in deiner Anwesenheit schlafen, Futter aus der Hand. Das ist super - verlangt nicht zu viel.
Sehr gut ist, dass sie die Box als Rückzugsort und Sichherheitsraum wahr nimmt - das erleichtern den Alltag für Alle denke ich.
Es kann helfen, ihr Nachts die gesamte Wohnung zur Verfügung zu stellen.
Dass sie jederzeit zu euch (auch ins bett?) kommen könnte ist gut - gemeinsames Schlafen bietet Sicherheit und Bindung und Vertrauen endstehen quasi im Schlaf.
Aber zusätzlich würde ich auch das ganze Haus für sie Nachts "öffnen" - wenn ihr schlaft, traut sie sich vielleicht eher auf "Entdeckungstouren" und lernt so ihr neues Zuhause kennen - ungestört und in ihrem Tempo.
Leider ist sie so ängstlich, dass ich sie nicht anleinen kann und sie deswegen immer im Flur/Bad macht. Das wische ich immer brav weg und bestrafe sie dafür nicht. Schließlich möchte ich ihr Vertrauen gewinnen. Ich bringe viel Geduld
Geduld ist der Weg zum Ziel - und dein Bauchegfühl sagt dir schon richtig, dass du sie nicht drängen solltest, oder durch schimpfen irgendwie einschüchtern.
dass sie in Haus macht ist natürlich unschön, keine Frage. Hunde lösen sich generell dort, wo sie sich sicher fühlen - und wenn das draußen noch nicht passiert, weil sie zu unsicher ist, kann das problem noch eine welie bestehen bleiben.
Aber man kann sich auch gedanken machen, wie man die "Anlein"-Situation gestaltet, ohne die Hündin einzuschüchtern.
Das geht besser wenn man die Hündin und euren Alltag sieht - aber vielleicht ein paar Ideen - ob die umsetzbar sind kannst nur du sagen:
- Geschirr generell am Hund lassen
- wenn sie gerade draußen aus ihrer Box ist, dann eine leichte Leine ranmachen und mit ihr gemeinsam eine sehr kleine Runde gehen.
(Also NICHT sie zu einer bestimmten zeit aus der Box holen, sondern dann gehen wenn sie gerade aus ihrer Box draußen ist)
- ich würde mich mit nem super leckeren (Menschen-)Essen auf den Boden setzen (Leberwurst, Käse, Wiener, ...) - sicher kommt sie neugierig gucken und möchte was nehmen?
Ich gebe ihr etwas, klicke vorsichtig die Leine ans Geschirr, gebe ihr noch etwas - das ganze könnte man mehrmals am Tag machen und so das "Anleinen" positiv verknüpfen.
- man könnte sich angewöhnen, eine dünne Leine ständig dabei zu haben im Haus (also sich einfach umgängen oder um die tailie legen oder so) - damit man in einem günstigen Moment (ohne Druck) sofort anleinen kann und nicht erst die leine suchen muss (und so vielleicht wieder eine beängstigende Situation schafft)
- Draußen generell IMMER die selbe, kleine, mini-Pipirunde drehen - wenn sie sich dort sicher löst, dann die Runde erweitern. Ziel ist es, dass sie sich draußen sicherer fühlt - das geht nicht wenn das Gelände ständig wechselt
Von Hausleinen bin ich meist nicht so überzeugt.
Mein Weg wäre es, dem Hund möglichst die Zeit zu geben die er braucht um von alleine zu kommen - also ins einem Tempo.
Eine Hausleine - als mein verlängerter Arm - ändert nichts daran, dass ich den Hund in MEINEM Tempo lenke.
(Aber ich habe auch noch keine praktische Erfahrung mit wirklichen Angsthunden)
Es liest sich, als würdest du sie in der Box streicheln?
Das würde ich sein lassen.
Dass sie es in der Box "über sich ergehen" lässt, heißt nicht dass es ihr hilft - ihr angenehm ist.
Im Gegenteil - die Box ist der einzige sichere Ort für sie - sie hat also die Wahl vor deiner hand zu fliehen und den sicheren Ort zu verlassen - oder das Streicheln zu ertragen und zu hoffen, dass es schnell aufhört.
Kommt sie zu dir, auch nach locken mit Futter - dann würde ich in jedem Fall Körperkontakt (streicheln) langsam behutsam anbieten. Aber nur dannw enn sie die Wahl hat, sich zurück zu ziehen.
Vielleicht ist es auch eine Option, viel Zeit auf dem Boden in der Nähe ihrer Box zu verbringen. Also (etwas entfernt sitzend) auf dem Boden lesen, fern zu gucken, am Laptop zu sein, ... Ich würde ihr auch eine (identische) Box im unteren Teil der Wohnung anbieten.
vielleicht auch dort regelmäßig die Decke der oberen Box reinlegen (damit es nach ihr/vertraut richt - also vielleicht oben in die Box zwei decken packen - und nach 2 Tagen eine der Beiden in die untere Box tun - und dann ab und zu wechseln) - vielleicht wird sie diesen Rückzugsort auch irgendwann nutzen um näher bei euch zu sein.
Und zum Schluss:
Es ist ein langer Weg - und geduldig zu sein ist leichter gesagt als getan.
ABER dein geduldiges, vorsichtiges, bedürfnissorientiertes Vorgehen wird irgendwann belohnt.
Das Vertrauen das dir deine Hündin irgendwann schenkt, ist echt und unbezahlbar - es ist hart erarbeitet und wird so schnell nicht ins Wanken geraten.
Je schwerer der gemeinsame Weg, desto enger kann die Bindung werden.
Jeder kleine Erfolg den du dir verdienst, wird ein Hoch der Gefühle sein - davon können Hundehalter mit ihren unkomplizierten, selbstbewussten Hunden (wie ich) nur traumen 
So zumindest stelle ich es mir vor.
Alles Gute euch!