Gegenkonditionierung kann nur dann wirken, wenn man den Ursprung kennt und die Motivation ichtig beurteilt. Das geht meist aus der Ferne nicht bzw. dann nicht, wenn der Halter das zugrundeliegende Gefühl nicht richtig erkennt.
Wenn man diese erkennt und die richtigen, also daraus folgenden Alternativen wählt, kann man durchaus den Stress reduzieren.
Nehmen wir mal ein Beispiel. Hund geht andere Hund an, keift sie an, wie auch immer. Der Halter denkt, der Hund möchte seine Ruhe und geht immer aus dem Weg. Eigentlich ist der Hund aber frustriert, weil er nicht den Kontakt haben kann, den er will. Also bestraft man ihn mit jedem Ausweichen.
Hat der Hund Schmerzen oder eben sehr viel anderweitigen Stress, kann so eine Konfrontation (gerade wenn die Desensibilisierung nicht richtig gemacht wird), alles verschlimmern. Auch müsste vorher eine Schmerztherapie bzw. eine sonstige Stressreduzierung stattfinden. Meist steht das Problem nicht alleine, sondern ist eng verzahnt mit anderen kleinen Alltagsproblemen.
In deinem Fall solltest du nicht zu viel wollen.
Ich muss aber etwas widersprechen: beim richtigen Aufbau ist Z&B an sich nicht stressfördernd.