Kieselgur wirkt bei so Krabbelzeugs auch. Aber so supertoll ohne Nebenwirkung ist das auch nicht. Zwar ist die Wirkung bei den Krabbelviechern ne mechanische, aber das Zeug ist soz. Feinstaub, d.h. wenn man das einatmet, hängt das auch mal hübsch ind er Lunge fest. Net gut, wenn da die Silikate in der Lunge festhängen.
Permethrin ist recht ok, vor allem, wenn Du das aus der Apotheke für Kopflausbefall von Kindern nimmst. Es gibt zwei Isotope von Permethrin, eines davon ist verträglicher, aber teurer rein zu produzieren. Für Vetmed wird die billige Variante genommen, für Humanmed die reinere. :)
(ACHTUNG: Hochgiftig für Katzen!)
Nur wenn Du ja schon Ivermectin drin und Stronghold drauf hattest und nicht die gerinste Verbesserung festgestellt hast, wäre ich etwas skeptisch, dass da wirklich Milben am wirken sind.
Wegen der Entwurmung: Du kannst ja auch eine Kotprobe abgeben, so dass Du nur im Falle von Wurmbefall behandelst. Ist halt teurer, als einfach Wurmkur einzuwerfen.
Das klingt ja echt blöd, wie das bei Euch gelaufen ist. 
Bist Du sicher, dass der echt Ivomec und 2x Impfe in einer Spritze drin hatte? Und dann auch noch in einen eventuellen Milbenbefall rein, das ist ja nicht mehr nur unvorsichtig zu nennen.
Eine Schilddrüsenunterfunktion kann zumindest beim Menschen auch Juckreiz hervorrufen.
Wenn es eine Allergie ist, könnte man vllt auch mal sozusagen als Test eine Therapie mit Antihistaminen probieren. Das wäre dann nicht so ein Kracher wie das Cortison, aber evtl. ein Hinweis, in welche Richtung es geht. Leider schlagen die beim Hund oft nicht so gut an wie beim Menschen. Ich habe damit aber beim Hund sehr gute Erfahrungen gemacht, allerdings nur im Akutfall (rot, geschwollen, nesselsuchtartig und juckend).
Und hast Du mal eine einfach nur recht proteinarme Diät probiert? Bevorzugt auch nur mit einer tierischen Proteinquelle.
Grade weil's beim Barfen noch schlimmer wurde.
Warst Du denn speziell bei einem Dermatologen?