Ein bellender Hund im Kofferraum ist wirklich lästig und dieses Verhalten ist nicht durch ein paar Tipps und Tricks von heute auf morgen zu beseitigen.
Erst einmal würde ich die Rück- und Seitenscheiben durch einfache Kartons für sie abdunkeln, so dass sie die Außenwelt nicht mehr sehen kann. Das entspricht in etwa Deinem Hundezelt, ist nur billiger und Du benötigst kein Training, um sie an die eingeschränkte Bewegungsfreiheit im Zelt zu gewöhnen.
Dann würde ich sie in nächster Zeit nicht alleine im Auto lassen, da Du sie da nicht kontrollieren kannst.
Ich würde mit ihr schrittweise trainieren, dass sie sich im Kofferraum entspannt hinlegt, in dem Du auf der Rückbank sitzt und jemand anderes am Steuer.
Und obwohl Autofahren das Selbstverständlichste der Welt sein sollte, kommt man bei einem autoaggressiven Hund mit "Schön-Füttern" meist sehr schnell zum Ziel.
Beim 1. Schritt steht das Auto still, alle sind auf ihren Plätzen und warten ab, bis sich Deine Hündin entspannt hinlegt. Je nachdem wie ihr Grundgehorsam ist und wie sie eigentlich geneigt wäre, sich zu entspannen, kannst Du ihr auch einen dezenten Hinweis geben bzw. mit gezielten Kommandos am Rande auf sie einwirken (wobei weniger oft mehr ist).
Hat sie sich endlich entspannt, dann gibt es ein Lob und Leckerlie und weiter gehts am nächsten Tag zu Schritt 2.
Nun wird das Auto angelassen, bewegt sich aber nicht von Stelle.
Dann fährt das Auto einige Meter, dann einige Meter mehr usw. usf.
Irgendwann setzt Du Dich ans Steuer und danach wird der Sichtschutz entfernt.