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Also, ja von Anfang durfte sie
d.h. wir hatten Zeitungen hingelegt, für den Fall der Fälle.
Dann könnte genau da Euer Problem liegen!
Sie durfte, wenn auch auf Zeitungen.
Wohnung ist Wohnung, und draußen ist draußen 
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Ja, das Problem ist von Anfang an aber da wir sie mit 2-3 Monaten bekamen dachten wir beim Welpen ist es normal, wenn sie mal nicht halten kann. Und noch etwas: sie sagt nicht Bescheid, wenn sie muss. Also zur Tür laufen, oder bellen, oder kratzen- sie macht es still und leise. Als wäre es normal?
Na ja,
daß beim Welpen Unfälle passieren, das ist tatsächlich normal.
Da muß man als Halter lernen, seinen Hund zu lesen und dementsprechend reagieren.
Ich kann mir vorstellen, daß es heute sogar noch Halter gibt, die diese Zeitungsmethode anwenden.
Dementsprechend dauert, meiner Meinung nach, die Stubenreinheit auch etwas länger, weil der Hund ja gelernt hat, daß in der Wohnung machen okay ist.
Besser wäre es, auch bei einem Welpen, von Anfang an mit dem Hund rauszugehen.
Regeln: nach dem Essen, nach dem Spielen, nach dem Schlafen.
Und in der Wachphase so alle 1,5 - 2 h, ist auch ein wenig vom Welpen abhängig.
Wenn es Streß gegeben hat (ist nicht negativ gemeint, kann Spielen, Lernen, Angst vor Dinge und so weiter sein), ist es auch besser, wieder mit dem Hund raus zu gehen, damit er machen kann.
Du könntest, wenn Dein Hund wieder auf der Zeitung gemacht hat, die Zeitung mal mit nach draußen nehmen und eine Weile dort liegen lassen. So lernt der Hund, daß die "neue" Stelle nun die "Toilette" ist.
Wegen dem Melden:
Es gibt nur wenige Hunde, die tatsächlich "laut" werden, wenn sie raus müssen, sprich jaulen, winseln, bellen.
Manche gehen zur Tür und kratzen.
Viele Halter gehen davon aus, daß es alle Hunde so machen.
Das stimmt nicht!
Viele Hunde "melden", wenn sie mal müssen, indem sie unruhig werden. Sie drehen sich im Kreis, schnüffeln ausgiebig an einer ganz bestimmten Stelle.
Da ist man als Mensch gefragt!
Man muß lernen, seinen Hund zu lesen. 
Ich würde an Deiner Stelle jetzt echt ganz "neu" anfangen, wie mit einem Welpen.
Schöne Grüße noch
SheltiePower