Wenn die Katzen nicht von der Gesamtsituation zu verschreckt sind, würde ich die Trennung, wenn du zu Hause bist, aufheben und sie nur trennen, wenn du nicht dabei bist.
Die Katzen brauchen natürlich Fluchtmöglichkeiten (erhöhte Plätze usw.)
Ich denke, sie fauchen hauptsächlich aus Unsicherheit. Und die gibt sich durch das Kennenlernen, sprich durch Kontakt.
Wenn sie die Pfote heben und der Hund sich ruhig verhält oder sich zurückzieht (das solltest du unterstützen/dem nachhelfen mittels Kommando oder Festhalten des Hundes), haben sie eigentlich keinen Grund mehr, auf den Hund einzuprügeln.
Kleine Katzen sind auch noch nicht so wahnsinnig geübt in Hundeverkloppen, ich würde erst mal nicht von schlimmen Schäden für den Hund ausgehen. Im Gegenteil, ich denke, es schadet nicht, wenn er die Wehrhaftigkeit der neuen Mitbewohner auch mal zu spüren bekommt. Ich glaube nicht, dass du damit gleich ein Ohr oder Auge des Hundes riskierst.