Geschäft verrichten in der Wohnung

Hallo,
Wir haben ein wirklich nervenaufreibendes Problemchen mit unserer 3-jährigen Shiba-Mischlings-Hündin Coco (nicht kastriert) und ich hoffe wirklich, dass ihr uns helfen könnt, da sie unser erster Hund ist und wir noch nicht sehr viel Erfahrung haben.
Also, erstmal zu unserer Hündin: wir haben sie vor drei Wochen aus dem Tierheim zu uns geholt. Sie wurde auf einem Parkplatz ausgesetzt und war sehr ängstlich anfangs nach drei Besuchen im Heim durften wir Coco dann mit nach Hause nehmen - nachdem sie laut Pflegern von allen Interessenten bei uns am zutraulichsten war :)
Seitdem hat sich alles eigentlich ganz gut entwickelt, sie hat sich sehr schnell bei uns zuhause gefühlt und ist seit zwei Wochen auch schon sehr anhänglich, liebt es, mit uns zu kuscheln usw. Jeder, der kommt, ist entzückt von ihr, sie hat kein Problem mit Besuch und ist anfangs vorsichtig, aber nach einer Zeit lässt sie sich streicheln und zeigt sich von ihrer nettesten Seite. Auch alleine bleiben kann sie super, das haben uns auch schon die Pfleger gesagt, dass sie sehr eigenständig ist und kein Problem mit dem alleine sein hat. Und so ist es auch. Beim Gassi gehen zieht sie noch ziemlich und ansonsten ist sie auch noch ziemlich unerzogen, aber wir tun unser Bestes, und Sitz funktioniert beispielsweise schon ganz gut.
Jetzt aber zu unserem Problem: seit zwei Wochen pinkelt und kotet sie regelmäßig in die Wohnung, aber nur nachts und in der Früh. Wir gehen mit ihr um 8 ca 30 Minuten, zwischen 14 und 15 Uhr 30-45 Minuten und zwischen 20 und 21 Uhr mindestens 45 Minuten, da macht sie auch brav ihr Geschäft und wirkt danach auch immer schön ausgepowert. Futter bekommt sie einmal um ca 17:30, hypoallergenes Trocken-, bzw. Nassfutter (wir wissen noch nicht auf was sie allergisch ist, aber vom normalen Futter im TH hatte sie Haarausfall).
Und im Prinzip ist sie auch stubenrein, da sie sich meldet, wenn sie raus will und unter Tags noch nie in die Wohnung gemacht hat (auch wenn mal mehr Abstand zwischen dem Gassi gehen war). Doch komischerweise ist es so, dass sie anfangs oft ca um 3 in der Nacht einfach in die Wohnung gemacht hat (gekotet und gepinkelt) - ohne sich wirklich zu melden. Dann haben wir angefangen, sie später - also um 17:30 (davor ca um 14:00) zu füttern und seither macht sie IMMER kurz bevor ich mit ihr früh morgens raus gehe in die Wohnung, oft während ich mich schon fertig mache, oder während ich aufstehe (ca 7:45 am Wochenende und 6 unter der Woche) - ganz egal, wann wir abends zuvor mit ihr draußen waren (um 8, 10 oder zu Silvester mal um 2 in der Früh) - als hätte sie eine Uhr, um 7:45 muss sie und macht dann auch einfach. Und wenn ich vor der Arbeit um 6 aufsteh und mich fertig mache und frühstücke usw (dann gehe ich um 7:30 mit ihr raus) macht sie nachdem ich aufgestanden bin in die Wohnung. Dabei weiß sie doch, dass wir rausgehen!! Wir haben sie schon ein Paar Mal erwischt, dann sagen wir laut nein, wenn wir es erst nachher sehen wischen wir es weg, ohne sie zu beachten. Und wenn sie beim Gassi gehen ihr Geschäft verrichtet, loben wir sie mit Streicheln und Leckerlie. Doch es ist trotzdem keine Besserung in Sicht. Und gestern und heute war es überhaupt so, dass sie NACH dem Gassi gehen demonstrativ nochmal in die Wohnung gemacht hat, beide Male nachdem ich mich nach dem Gassi gehen in der Früh nochmal ins Bett gelegt hab und sie keine Beachtung hatte (ins Schlafzimmer darf sie nicht). Und einmal auch nachdem wir dann aufgestanden sind - direkt vor unseren Augen. Und das obwohl sie beim Gassi gehen schon viel gepinkelt hat und davor in die Wohnung!!!
Bei der Tierärztin war ich schon, ist alles bestens. Sie hat halt gemeint, wir sollen mal eine Harnprobe machen bezüglich Blasenentzündung. Aber wieso sollte sie dann nur in der Früh in die Wohnung machen?
Ich hoffe, ihr könnt uns helfen. Es ist wirklich schon sehr schlimm für uns, jeden Morgen irgendwo in der Wohnung ihre Hinterlassenschaften zu finden...
Danke!

Ich gehe meistens mit ihr vor dem Frühstück: wenn sie sich meldet, nämlich um 7:45. Außer wenn ich arbeiten gehe mache ich mich zuerst fertig um 6 (da schläft sie normalerweise noch) und gehe dann um 7:30 mit ihr. Das ändert nix daran dass sie nach dem Gassi gehen gleich nochmal in die Wohnung macht!!

Um nochmal präziser zu werden: sie meldet sich in der Früh, ich steh auf, ziehe mich an (höchstens 10 Minuten!!), gehe raus mit ihr. Bis auf zwei glückliche Ausnahmen in den letzten zwei Wochen hat sie während ich mich fertig gemacht hab in die Wohnung gemacht und gestern und heute nochmal DANACH!

Aber es war noch nie was, wenn wir sie alleine gelassen haben zb?
Was sollen wir tun, oder meinst du, dass sich das nach der Zeit legt, wenn sie weiß, dass wir in der Früh mit ihr raus gehen und sie nachts einfach schlafen soll? Vor allem hat sie das letzte Mal vor einer Woche oder so nachts, jetzt die letzten Male nur in der Früh. Und um das klar zu stellen, sie ist nur zwei Mal unter Tags alleine wenn ich arbeiten gehe, ansonsten bin ich zuhause und nur mein Freund geht morgens weg!