Ich würde mich nicht so sehr auf die Allergie einschießen ... Vl täuscht du dich und es ist doch immer noch eine Übersprungshandlung ...? Ico hatte das häufige kratzen laaaaange, und auch jetzt mit zwei Jahren kratzt er sich noch in stressigen Situationen.
Ich war so lange überzeugt davon dass das an weiß Gott was liegen müsse (Geschirr, Futter, Hautproblem, ...), und schlussendlich wars doch nur eine Übersprungshandlung 
ich hab das früher schlicht und ergreifend nicht gesehen.
Natürlich kann das keiner beurteilen, der es nicht gesehen hat. Aber du hörst dich einfach recht gestresst und sehr fürsorglich an, und damit erscheint es mir ganz und gar nicht unwahrscheinlich, dass der Welpe ebenso leicht gestresst und unsicher bist
deshalb empfehl ich dir einfach etwas lockerer ran zu gehen an die Sache. Sie hat keine Parasiten, das ist doch schon mal toll. Augenausfluss und die diagnositzierte Bindehautentzündung ist beim Welpen sehr häufig und regelt sich allermeistens von alleine :)
Wenn du das mit den Allergien weiter verfolgen willst würde ich die Maus roh Füttern. So kannst du das Futter selbst zusammenstellen und darauf reagieren was sie verträgt.
Das ist meines Erachtens nach auch die einzige Möglichkeit wirklich herauszufinden was ein Hund in der Fütterung nicht verträgt bzw was ihm nicht so gut bekommt.
Ich hab mir am Anfang auch soooo viele Gedanken gemacht. Schon bevor er eingezogen ist und wo er dann da war, und defakto hab ich einfach meine ganze Unsicherheit auf den Hund übertragen. Das ging so weit, dass er nur mehr ganz schlecht gefressen hat (gut er ist auch wirklich sehr sensibel
) weil ich mir immer Sorgen gemacht hab wenn er mal nicht aufgegessen hab. Genau gleich war es mit dem Kratzen. Wenn man sich immer sorgt sobald man sieht, der Hund kratzt sich, merkt der Hund das natürlich und es stresst ihn, weil er merkt dass Frauchen unsicher und nervös ist. Stress löst wiederum beim Hund Kratzen aus 
Natürlich KANN es auch eine Allergie sein, ich will dir das nicht ausreden. Aber auch in diesem Fall schadet es nicht, wenn du etwas cooler und gelassener an die Sache ran gehst. Solange sie sich nicht blutig kratzt oder so, ist alles gut. Geh dem auf den Grund (klar!) aber mach dir nicht allzu viele Sorgen :)
Viel Freude mit der Süßen Maus!