Ich habe leider kein Auto. Hätte ich ein Auto, würde ich danach entscheiden, ob beim Warten im Auto etwas positives für den Hund rausspringt...
Wenn der Hund beispielsweise eine Stunde im Auto warten muss, danach aber in den Genuss eines langen Spaziergangs an einem besonders schönen Ort kommt, würde ich ihn (sofern das Wetter es zulässt) im Auto warten lassen. Überwiegt das Warten im Auto würde ich ihn zuhause lassen 
Auch würde ich es auch davon abhängig machen, ob der Hund im Auto gestresst ist wenn Passanten und Hunde vorbeigehen etc.
Einen sehr jungen Welpen würde ich bei längeren Wartezeiten im Auto jedoch lieber (betreut) daheim lassen, da wäre es mir zu gefährlich, dass er auskühlt, geklaut wird oder ähnliches ...