Da sowieso der Vertretungsarzt da ist, wird dein Hund eh von jemanden anders als sonst untersucht.
Ich würde auf keinen Fall 2 Wochen warten, les dir mal die Threads zu Demodex-Milben durch, die sind nicht ohne, es wird auch von Todesfällen berichtet. Und wenn du zu lange wartest kann aus der einfachen Form die schwerer werden. sind es Räubermilben leidet dein Hund jetzt schon und steckt evtl noch andere an.
Du kannst ja nochmal telefonisch mit dem Vertretungsarzt reden, dass du ein Hautgeschabsel an den befallen Stellen möchtest und das er unterm Mikroskoph nach Milben schauen soll. Ablehnen wird er es nicht! Wenn doch kannst du denn eh vergessen. Solltest Du ein blödes Gefühl bei ihm haben, z.B. das er das dann recht halbherzig machen würde, geh zu einem anderen und wenn dein Arzt wieder da ist, gehst du wieder dorthin.
Das dein Hund sich auf den Hundesitter freut ist doch prima. Das mit dem Futter dürft dann das geringste Problem sein, red mit ihm und gib ihm von deinem Futter, dann ist auch sichergestellt das die Futtermenge stimmt.