Was ist denn das erwünschte Ergebnis bzw. Hundeverhalten? Die Box funktioniert scheinbar perfekt und wird mit Ruhe, Chillen, Schlafen verknüpft. Soll das entwöhnt werden?
Ich weiß nicht ob man es nicht verstehen will??? Gegen eine Box spricht doch nichts, sondern das Verschließen der Boxtür!
Wenn der Hund da alleine reingeht und schläft, ist doch super. Doch die Box muss verschlossen werden, weil er sonst nicht zur Ruhe kommt. 
Was ist daran so schlimm bei einem 11wöchigen Welpen, der gerade mal drei Wochen da ist, der diese Begrenzung scheinbar noch braucht und freiwillig aufsucht, um zur Ruhe zu kommen? Zumal ich es so verstehe das die Kleine sich nur melden muss (und das auch tut) um rausgelassen zu werden.
Du hängst dich total an der geschlossenen Tür auf, warum? Wir reden hier doch nicht davon das sie da drin eingesperrt und sich selbst überlassen wird, und schonmal gar nicht dass das die Wunschvorstellung der TE ist - im Gegenteil. So wie ich das lese wäre es ihr auch lieb wenn es ohne Box klappt. Aber das muss man doch nicht erzwingen wenn der Welpe sich wohl und sicher darin fühlt.
Warum willst du die 1x1,5m Box (by the way, was ist das denn für ein Riesenteil?) jetzt unbedingt als schlimm deklarieren? Zumal ich sicher bin das es nur eine Phase ist. Der Welpe zeigt ja schon Ansätze auch außerhalb der Box zu ruhen.
Die Kleine ist da in einem recht aufregenden Leben gelandet. Ich finde es schön das sie einen Ort gefunden hat, wo sie zuverlässig zur Ruhe kommt.
Manche Dinge kann man auch einfach mal entspannt laufen lassen und beobachten. Ich schätze in einigen Wochen kann die Tür dauerhaft offen bleiben.