Hallo Steffi! 
Mein Hund hat (unter anderem) auch eine Hausstaub- und Futtermilben-Allergie.
Ich wasche die Hundedecken und Kissen alle 1 - 2 Wochen bei mindestens 60 Grad.
Ganz vermeiden kann man Hausstaubmilben allerdings nie.
Das Futter kaufe ich immer in kleineren Gebinden, 5 - 7 kg, und fülle es sofort nachdem ich den Sack geöffnet habe, in eine luftdichte Tonne.
Das Einfrieren ist recht umstritten.
Ich habe von einer TÄ gehört, dass es nicht unbedingt wirksam ist, da es nur die vorhandenen Milben abtötet - der Kot, auf den die meisten Hunde allergisch reagieren, ist aber noch vorhanden.
Andererseits kenne ich einige Leute, bei denen es eine Besserung gebracht hat. Allerdings muss man auch hier das Futter umgehend einfrieren, damit sich erst gar keine Milben vermehren können.
Eine Hyposensibilisierung haben wir auch versucht, leider ohne Erfolg.
Es ist wohl so, dass 1/3 der Hunde nach der Behandlung beschwerdefrei sind, 1/3 braucht regelmäßig weitere Spritzen, und bei 1/3 zeigt die Therapie keine Wirkung.
Aufgrund der Schwere der Allergie bekommt mein Hund ein Medikament, Atopica. Es hat weniger Nebenwirkugen als Cortison, ist aber leider auch sehr teuer.
Doch seitdem geht es meinem Hund endlich wieder besser.
Zwei sehr informative Links zum Thema Allergien/Hautkrankheiten:
http://www.tierklinik-birkenfeld.de -> Dermatologie
http://www.hauttierarzt.de
Im Übrigen kann ich Dir sehr empfehlen, zu einem Hautspezialisten zu gehen, der Dich umfassend beraten kann.
LG, Caro