Für mich hört sich das weder nach Revierverteidung an (Deine armen Eltern ;)) noch nach Dominanzverhalten (was soll das eigentlich sein?
), sondern es hört sich eher danach an, dass er ein weinig unsicher ist und Euch auch ein bisschen auf der Nase rumtanzt. 
Warum er das gerade nachts macht, kann ich Dir auch nicht wirklich beantworten bzw. hast Du evtl. ein wenig selber beantwortet, weil auch Du die nächste Nacht fürchtest und dann ist seine "Geisterstunde" geschlagen. 
Ich könnte mir vorstellen, dass ihn des Nächstens irgendwas draußen völlig verunsichert hat, was Ihr natürlich nicht mitbekommen habt, und nun kaspert er rum.
Wie lastet Ihr ihn denn tagsüber aus? Wie selbstsicher ist er denn tagsüber bzw. wie trainiert Ihr seine Selbstsicherheit?
Zitat
1.) wir sind bei meinen Eltern. Meine Ma geht ins Bett weil sie früh hoch muss. Es wird richtig dunkel...meine Ma hustet im Schlafzimmer und Sam bellt und grummelt sein tiefstes Bellen.
Dann sollte Deine Mama ganz klar und deutlich sagen "Ruhe!", "Hör auf!", "Psst!" bzw. wie Ihr es auch immer nennen wollt.
Das könnt Ihr ihm auch tagsüber beibringen, wenn er rumgrummelt, rumfiebt, rumbellt. Falls er das tagsüber nicht macht, dann macht ein doppeltes Training daraus: Erst wird Euer Hund derartig animiert durch ein wildes Getue Eurerseits, auf dass er es macht, währenddessen Ihr gleich das entsprechende Kommando dafür sagt. Und natürlich dafür gelobt wird, dass er es gemacht hat.
Und nun folgt das Gegenteil. Hund wird durch das Kommando aufgefordert, Töne von sich zu geben, und dann wird das "Ruhe!"-Kommando gesagt. 1sek Ruhe, riesen Lob. Und dann schrittweise die Stille aufbauen. In Null-Komma-Nix muss Deine Ma nachts nur noch leise "Psst!" sagen und Hundie wird höchstwahrscheinlich wieder ruhig sein, da er durch das Training auch gelernt hat, Euch zu vertrauen.
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2.) wir sind zu Haus. Abends/Nachts muss ich nu immer Angst haben das jemand durch den Hausflur geht geschweige denn, dass Licht anmacht. Entweder fängt er in seinem Bett gleich an oder rennt sogar in den Flur und bellt rum.
3.) vor unserem Schlafzimmerfenster läuft jemand lang und hustet. Sam legt wieder los!
Da zieht entweder das obige Training, wobei man bei solchen Spierenzen den Hund eigentlich weitgehends ignorieren sollte.
Aber das ist natürlich nicht immer machbar, weil Hundie sich fürchterlich aufregt.
Dann tut ihm einmal den Gefallen und geht ganz relaxt der Sache mit ihm gemeinsam auf den Grund. D.h., wenn jemand durch den Hausflur läuft, dann geht zur Haustür und befindet alles für absolut in Ordnung (im optimalsten Fall macht kurz die Tür auf und sagt Hallo zu demjenigen ;)).
Wenn jemand vor dem Fenster langläuft, dann schaut mit ihm gemeinsam raus und zuckt fragend mit den Schultern, was er da nun wieder gesehen hat.
Aber tut ihm nur einmal (naja, nicht zu oft) den Gefallen für ein Geräusch, was auch Ihr erst durch ihn wahrnehmt. Bei weiteren "Regelvertößen" wird er mit "Ruhe!" vorgewahnt und danach auf seinen Platz geschickt, wo er zu bleiben hat, egal, wie er rumbrummelt.
Übrigends würde ich die Fenster, wenn Ihr im EG wohnt eine zeitlang blickdicht abhängen, falls das nicht sowieso schon bei Euch so ist.