Nachdem wir dann das Ergebnis hatten, wurde festgestellt, dass er KEINE WÜRMER aber viele Parasiteneier in sich hat.
Das hast Du falsch verstanden 
Dein Zwerg hatte keine Würmer IM KOT, aber Eier.
Diese Eier werden IM DARM von adulten (erwachsenen) Würmern produziert und ausgeschieden.
Diese Eier machen dann einen artspezifischen Entwicklungszyklus durch (teilweise mit sog "Zwischenwirten), werden dann schlußendlich als Larve wieder vom Wirt (in diesem Falle Hund) aufgenommen und entwickelt sich in diesem zum erwachsenen Wurm.
Dabei machen einige Wurmarten als heranwachsende Larve eine Wanderung durch den Körper, in dieser Phase "erwischt" man sie nicht mit einer Wurmkur, deswegen der Rat Deines TA nach 2 Wochen (wenn diese Wanderlarven als erwachsene Würmer in Darm angekommen und für die Wurmkur erreichbar sind) eine weitere Wurmkur zu verabreichen.
Ist es normal, dass bei einem Welpen nach der Entwurmungstablette so viele Würmer (lebendig) raus kommen?
Es ist normal, dass nach einer Wurmkur bei einem stark verwurmten Hund Würmer ausgeschieden werden. DAS ist ja der Sinn der Aktion (An diesen Würmern steckt sich auch kein Hund an, es sind "nur" die Wurmeier bzw die daraus schlüpfenden Larven, die infektiös sind!)
Nicht normal ist, dass ein sorgfältig und gepflegt aufgewachsener Welpe derartig verwurmt ist!