Vielen Dank für die schnellen Antworten,
oh ja, das hätte ich natürlich einbringen müssen, sorry 
Ich hole am besten noch einmal etwas weiter aus, denn vielleicht sind die kleinsten Details schon sehr wichtig.
Vor einem Monat kam der kleine Emil zu uns und wir sind nun mittlerweile die dritten Besitzer. Bei der ersten Besitzerin war er fast ein Jahr, bei der zweiten Familie nur ein paar Tage (Hundehaarallergie) und dann kam er zu uns.
Am Anfang hat er ziemlich häufig in die Wohung gemacht, jedoch hat man ihm angemerkt, dass er es aus Angst macht und einfach nicht wusste, wie im geschieht. Dann nach ein paar Tagen hat er angefangen ständig eine Ecke zu markieren und dies willkürlich. Jetzt haben wir sein Körbchen vor diese Ecke gestellt und es hat aufgehört. Am Wochenende wenn mein Partner und ich beide zuhause sind, dann macht er nicht in die Wohnung, allerdings manchmal wenn wir z.B vom einkaufen wieder kommen und ihn begrüßen, dann kann es schon einmal passieren, dass er eine halbe Stunde später an die Stelle macht, an die er auch morgens macht. Zudem macht er es auch manchmal, wenn versucht ins Bett zu springen und auf seinen Platz muss (wir möchten nicht, dass er im Bett schläft).
Die erste Besitzerin hat mir gesagt, dass das mit dem Markieren angefangen hat, als er geschlechtsreif wurde und daraufhin wollte sie ihn eigentlich kastrieren lassen, dazu kam es jedoch dann nicht mehr. Und alleine bleiben musste er damals wohl auch schon bis zu 4 Stunden.
Wenn wir ihn alleine lassen, dann hört man ihn kurz bellen aber dann liegt er wohl meistens auf der Couch (das verrät der Abdruck auf der Decke und die noch vorhandene Wärme ;))
Ich habe das Gefühl, er macht es nur, wenn er "ausgeschlossen wird" aber das kann natürlich auch nur Einbildung sein.
Ich weiß auch langsam keinen Rat mehr 
Den Tipp mit der Reihenfolge ändern, werde ich selbstverständlich erst einmal wahrnehmen und gleich morgen früh zuerst ins Bad gehen und dann mit ihm raus.
Achso und der Napf steht ziemlich zentral, er kann auch wenn er frisst noch sehen, dass ich durch die Wohung
laufe aber auch darauf werde ich mal achten, vielleicht bekommt er wirklich plötzlich Angst und denkst, ich sei einfach abgehauen.