Ehrlicherweise würde ich garkeinen Hund, egal wie groß oder klein, in einer Box im Zug transportieren.
Nicht nur weil es sperrig ist, sondern auch weil die Luft in Zügen ja doch nicht immer die beste ist und in der Box noch weniger Ventilation ist.
Oben drauf hat man ja meist selbst noch mehr Gepäck als nur einen Rucksack, da wird das verstauen noch schwieriger. Weder in einem Abteil noch im Großraumwagen ist wirklich genug Platz um eine passend große Box unterzubringen, es sei denn man reserviert 2 Sitzplätze und stellt die Box (mit was drunter) auf einen der Sitze. Wie toll das Schaffner und Mitreisende finden ist halt fraglich.
Mit Box und Reisetasche im Gang ist ebenso sperrig, im Türbereich auch, besonders wenn viele Leute aus- oder einsteigen wollen wird es richtig ätzend für alle.
Ich fahre ja schon ewig Bahn, vom Bummelzug bis ICE, und mit Hund ist es am praktischsten wenn er mitläuft.
Da kann ich ihn auf den Arm nehmen wenn nötig, kann ihn zwischen meinen Beinen relativ weit unter den Sitz liegen lassen oder wenn man Glück und ein leeres Abteil hat hat er da richtig Platz sich auszustrecken.
Das geht auch Türbereich und man ist schnell aus dem Weg, man kann sich schnell ins Klo quetschen und die Leute können problemlos ein- und aussteigen.