Ich trage ja auch Barfußschuhe, weil sie leicht sind und die Sohle flexibel. Aber sonst fühle ich da echt keinen Unterschied 
seit ich überwiegend Barfußschuhe trage gibt es 3 Sachen, die sich bei mir geändert haben:
- Druck am Spann in normalen Schuhen (lässt sich durch entsprechende Schnürung mindern)
- ich spüre, wie normale Schuhe meine Zehen zusammen drücken (1 Paar Schuhe, das ich vorher jahrelang sehr gerne getragen habe, musste ich sogar komplett aussortieren, weil das schmerzhaft war)
- meine Knieprobleme sind weniger geworden (allerdings nicht ganz weg und manchmal immer noch schlimm)
Mir sind da oft die Kanten zu hart, oder sie sind generell zu steif oder sie werfen Falten trotz sorgfältiger Ausrichtung und Schnürung oder sie rutschen nach unten oder sie drücken oben mit harter Kante gegen das Bein.
Ich kenne keins der Probleme und kann dir daher leider nicht helfen. Also, ich geh mal davon aus, dass du grundsätzlich die richtige Schuhgröße gewählt hast und nicht in viel zu großen/zu kleinen Schuhen rumrennst.
Andrerseits... der Umstieg auf Barfußsandalen oder komplett Barfuß würde die Probleme auch alle erledigen (natürlich u.U. dafür andre Probleme aufwerfen) 