Fragt doch mal in der Nachbarschaft rum, was die nachts so treiben! Manchmal ist es auch nur ein komisches Geräusch, das irgendwer macht, Ihr selbst aber nicht hören könnt - Hunde hören ja doch um Einiges besser als der Mensch.
Alarmanlagen, die losgehen, irgendwelche Überwachungsgeräte in Wohnungen, Marderschreck-Anlagen, die anspringen, was auch immer. Passiert das zu unterschiedlichen Zeiten, oder immer zu selben - Du schreibst, um 3 muß das Haus gereinigt werden, also öfter um die Zeit? Spricht für eine Ursache in der Nachbarschaft.
Ansonsten könntet Ihr auch austesten, ob der Hund das immer kriegt, also in jedem Zimmer, egal, wo er schläft, oder nur in bestimmten Zimmern (Sitz der Geräuschquelle rausfinden). Passiert das auch, wenn Ihr z.B. mal bei Freunden/Eltern übernachtet mit dem Hund? Wenn nicht, kanns schon mal keine Epilepsie o.ä. sein, sondern dürfte an äußeren Umständen liegen.
Und dann eben entsprechend weiter forschen, was es sein könnte, auf das er reagiert: Lärm von Nachbarn, irgendwelche Geräte, schleicht ein Fuchs ums Haus und der Hund kriegt Panik, was auch immer.
Mehr fällt mir auch grad net ein ;-(